Лишен сана в РПЦ в 2021 году за критику милитаристского дизайна главного храма Вооруженных сил Российской Федерации, который, по мнению Курмоярова, своим видом оскорбляет чувства верующих. В марте в соцсетях разместил ролик «Кто будет в аду, а кто в раю?», который лингвистическая экспертиза посчитала содержащим дискредитирующие сведения об армии РФ. 7 июня у священника прошел обыск в связи с открытым уголовным делом по статье о фейках в отношении российской армии, его задержали, изъяли гаджеты, две иконы, деревянный крест и подрясник. Заключен под арест, но его адвокат Леонид Крикун до 14 июня не мог найти его ни в одном изоляторе Санкт-Петербурга несколько дней. 14 июня священнослужителя нашли в СИЗО «Кресты», против него было возбуждено уголовное дело по ст. 270.3, ч. 2 УК РФ («фейки о ВС РФ»).
Правозащитники завели в телеграмме канал, посвященный делу иеромонаха Иоанна (Курмоярова).
В июле норвежский правозащитный центр «Форум 18» написал о нем статью. 27 июляправозащитный проект «Поддержка политзаключённых. Мемориал» признал священника политзаключенным. 12 августа большой материал об иеромонахе Иоанне сделал проект «Sota». 29 августа Калининский районный суд Петербурга продлил арест Курмоярова до 1 октября, хотя он признал свою вину и просил изменить ему меру пресечения. 12 сентября арест былпродлен до 8 февраля 2023 года. 6 февраля 2023 года Калининский районный суд Петербурга принял решение продлении пребывания Курмоярова в СИЗО продлили до 28 мая 2023 года. 26 апреля 2023 года содержание под стражей было продлено до 28 августа 2023 года, причина — наличие в прошлом у священника гражданства другой страны.
10 октября 2022 года иеромонаху Иоанну Курмоярову было вынесено обвинение по распространению фейков о российской армии — всего 63 эпизода. Курмоярову вменяют размещение на своём ютуб-канале «Православный виртуальный приход» несколько видео, в которых говорит о войне России против Украины, а также постов в социальной сети «ВКонтакте» с призывами к антивоенным протестам и рекламой серии «Вакидзаси» на ютуб-канале мультсериала «Масяня». Курмояров вину по уголовному делу признал. После этого его адвокат Леонид Крикун отказался защищать священника в суде, поскольку считает, что Курмояров себя оговаривает. Теперь интересы Курмоярова в суде будет представлять Луиза Магомедова и линия защиты будет строиться на поиске смягчающих обстоятельств.
5 декабря 2022 года на заседании в Калининском районном суде Санкт-Петербурга Курмояров подчеркнул, что он — христианский пацифист. Заседание по его делу перенесли на 9 января 2023 года. 26 апреля у дела сменился судья, а защите нужно время на изучение поступившей экспертизы на видеоролики иеромонаха, поэтому заседание отложено до 29 мая 2023 года.
31 августа 2023 года Калининский суд Санкт-Петербурга приговорил Курмоярова к 3 года лишения свободы, а также на 2 года запретили публиковаться в интернете.
27 июня 2024 года третий кассационный суд в Санкт-Петербурге оставил без удовлетворения жалобу на приговор иеромонаха Иоанна Курмоярова. Адвокат Сергей Кубасов просил смягчить обвинение, поскольку суд первой инстанции недостаточно учел сотрудничество подзащитного со следствием. Сам Курмояров попросил исключить из обвинения мотив «корысть» и вернуть ему ноутбук и жёсткие диски, так как они не имеют отношения к уголовному делу. На них содержатся фотографии с церковных богослужений и снимки его семьи, а также статьи, которые он писал несколько десятков лет. «Я отбыл большую часть наказания, у меня есть хронические заболевания сердца, я в возрасте и мне достаточно тяжело без надлежащей медицинской помощи. Я прошу проявить снисхождение», – сказал осужденный.
1 августа 2024 года вышел на свободу.
