МВД сочло недостаточными изменения, внесенные Эстонской православной церковью Московского патриархата в свой устав с целью дистанцироваться от РПЦ. Там заявляют, что изменение названия и устранение ссылок на Московский патриархат, РПЦ и патриарха является косметическим изменением, не уменьшающим фактическое влияние РПЦ, которое “остается прежним как в административном, так и в каноническом смысле”.
МВД предлагает вновь пересмотреть устав, чтобы полностью исключить влияние РПЦ на управление и деятельность ЭПЦ МП. Так, предлагается убрать ссылку на томос 1993 года, по которому руководство деятельностью ЭПЦ МП осуществляется постановлениями Синода и приказами патриарха РПЦ.
Также ведомство отклонило новое название ЭПЦ МП «Эстонская православная церковь», сочтя его недостаточно отличающимся от уже внесенной в регистр Эстонской апостольской православной церкви (ЭАПЦ).
