Настоятель храма Воскресения Христова в селе Карабаново Красносельского района Костромской области.
В Прощенное воскресенье 6 марта 2022 года иерей Иоанн Бурдин в проповеди сказал, что молится за мир на украинской земле. На проповеди присутствовали около 10 человек, один из которых сообщил в полицию. Через два часа полиция приехала в храм. На священника был составлен протокол за дискредитацию ВС РФ. Кроме проповеди, его обвиняли в публикации на приходском сайте заявления, осуждающее «специальную военную операцию» на территории Украины и подписанную им, а также священником Георгием Эдельштейном: «Мы, христиане, не смеем оставаться в стороне, когда брат убивает брата, христианин – христианина. Мы не можем стыдливо прикрывать глаза и называть чёрное белым, зло – добром, говорить, что и Авель, вероятно, был не прав, провоцируя своего старшего брата». Позже по требованию митрополита Костромского и Нерехтского Ферапонта данное сообщение было удалено.
7 марта дело было передано в суд Красносельского района Костромской области, однако судья Анна Артимовская отказалась рассматривать это дело и отправила его в суд Костромского района, на территории которого прописан священник. Судья Костромского районного суда Алексей Чудецкий сначала также отказался от рассмотрения и 9 марта вернул протокол в полицию на доработку. 10 марта тот же судья признал иерея Иоанна Бурдина виновным и наложил на него штрафу в размере 35 000 рублей.
В апреле 2022 года священник также был вынужден уйти за штат и оставить настоятельство в храме Воскресения Христова.
Бурдин собрался переехать в Болгарию и перейти в юрисдикцию Православной церкви Болгарии, в связи с чем 6 декабря 2022 года один из болгарских митрополитов, готовый принять Бурдина в своей епархии, направил письмо Митрополиту Костромскому и Нерехтскому Ферапонту (Кашину), который перенаправил запрос в Синод Русской православной церкви. После состоявшегося 16 марта 2023 года заседания Синода, 19 марта 2023 года был временно запрещен в священнослужении на основании правила 55 Святых апостолов («если кто досадит своему епископу») в связи с тем, что в материалах, которые он публикует в своем блоге, якобы была найдена «хула на церковь». Запрет носил временный характер — до исследования опубликованных статей. Через несколько митрополит Ферапонт связался с Бурдиным и пригласил на встречу, где сказал, что хотел бы отпустить священника в другую поместную церковь, но от него это не зависит, и намекнул, что решение принята Патриархом Кириллом, а также сообщил, что собирается изучить статьи в блоге и подготовить резюме.
8 июня 2023 года священник получил из канцелярии Костромской епархии приглашение на епархиальный суд, который был назначен на 16 июня 2023 года, а также материалы, которые должны были разбираться. Как следует из материалов церковного суда, он обвинялся в том, что публиковал в своем телеграм-канале «достаточно острые высказывания относительно нынешнего состояния и деятельности Русской Православной Церкви и ее иерархии в частности, … данные высказывания явно порочат деятельность высшего церковного начальства (патриарха и единомысленных ему епископов) Русской Православной Церкви, чем подрывают доверие верующих (на 04.06.23 канал насчитывает 2 295 подписчиков) к патриарху и епископам, нанося тем самым вред церковному единству, что в свою очередь идет в разрез с церковными канонами и не может быть совместимо со священническим служением.»
16 июня 2023 года, в отсуствие Бурдина, состоялось заседание епархиального суда, о результатах которого сообщила пресс-службы Костромской митрополии. Члены суда усмотрели в публикациях Бурдина «экклезиологические заблуждения», как то: 1) отрицание святости и спасительных сил реальной исторической Поместной Церкви (Русской Православной Церкви), как следствие, отрицание единства со Святой Кафолической Христовой Церковью (Мф. 16:18); 2) неприятие соборного действия Церкви по канонизации святых и сомнение в святости некоторых святых (святой блаженной Матроны Московской, святого благоверного князя Димитрия Донского и др.), пользующихся всеобщим почитанием; 3) деятельность, сеющая недоверие к Церкви в среде верующих, и как следствие, направленная на отторжение верующих от Христовой Церкви.
На основании этого священнику вменили нарушение священнической присяги (25 Апостольское правило). Суд предложил управляющему Костромской епархией митрополиту Костромскому и Нерехтскому Ферапонту (Кашину) запретить иерея Иоанна в священнослужении до принесения последним публичного покаяния.
