Судебный процесс вокруг Петропавловского прихода, инициированной Костанайской епархией МП и её управляющим на тот момент епископом Анатолием (Аксёновым), длится с 2019 года. Накануне праздника Пятидесятницы в 2022 г. судебные власти Казахстана постановили передать храмовое здание епархии Московского Патриархата. Община РПЦЗ (А) настаивает на незаконности данных решений и намерена подавать апелляции. 

Приход в честь апостолов Петра и Павла в Костанае был основан в 1992 г. в юрисдикции Алма-Атинской епархии РПЦ, однако в 1997 г. община храма вместе с настоятелем священником  Геннадием Субботиным перешла в юрисдикцию Ишимско-Сибирской епархии Русской Православной Церкви Заграницей (РПЦЗ). После подписания в 2007 г. «Акта о каноническом общении» с Московским Патриархатом, община присоединилась к не признавшему данный Акт епископу Агафангелу (Пашковскому) и созданной им вскоре новой независимой церковной юрисдикции — РПЦЗ (А). 

В настоящее время митрополит Агафангел, проживающей в Одессе, выступает против агрессии путинского режима против Украины. Ряд священнослужителией данной юрисдикции в России также придерживаются антивоенной позиции, а некоторые из них подвергаются уголовному преследованию. О том, какой позиции по отношению к войне в Украине придерживается настоятель Костанайской общины РПЦЗ (А) священник Геннадий Субботин, в настоящее время ничего не известно. 

В свою очередь, весьма примечательно, что сайте Костанайской епархии МП, временно управляющим которой сегодня является глава Митрополичьего округа в республике Казахстан митрополит Александр (Могилёв), отсутствует упоминание о Московском Патриархате — епархия именуется принадлежащей только «Православной Церкви Казахстана» — это второе официальное название структуры Московского Патриархата в республике.