Конфликт вокруг собора связан с тем, что митрополит Черкасский и Каневский УПЦ Феодосий (Снигирёв), находится в Украине под уголовным преследованием – в отношении его возбужден ряд уголовных дел, вопреки решениям Собора в Феофании (27 мая 2022 г.) он до сих продолжает поминать имя патриарха Московского Кирилла за каждой Литургией, что вызывает крайнее раздражение в среде местной общественности.

В связи с этим, 12 июня 2024 года, территориальной общиной без надлежащего участия верующих соответствующей общины УПЦ было проведено собрание по переводу общины из УПЦ в ПЦУ, а также внесены изменения в учредительные документы общины – теперь ее уполномоченным лицом был зарегистрирован Яременко Олег Васильевич (митрополит Черкасский и Чигиринский ПЦУ Иоанн). Соответственно, новая община начала претендовать и на право собственности и владение храмом.

Однако духовенство и многие верующие указанной общины УПЦ не согласились с результатами собрания и изменениями в учредительных документах своей общины, и попытались сохранить собор в своем владении и пользовании и продолжали проводить там богослужения.

Утром 17 октября 2024 года верующие и духовенство общины, включая Митрополита Черкасского УПЦ Феодосия (Снигирёва), находились в храме и на прилегающих к нему территориях. 

Неизвестные провели несколько попыток штурма храма, и в результате третьей попытки храм перешел под контроль ПЦУ. 

Штурм сопровождался насилием по отношению к духовенству и верующим УПЦ, были использованы слезоточивый газ и газовые пистолеты (это зафиксировано на видео). В ответ духовенства и верующих УПЦ оказали сопротивление. Активное участие в событиях приняли двое капелланов ПЦУ — священники Назарий Засанский и Владимир Педько. Один из сопровождающих капелланов лиц стрелял в духовенство и верующих УПЦ из газового пистолета прямо в храме.

После перехода храма под контроль ПЦУ, в 12 часов дня 17 октября в соборе состоялся молебен за Украину, который возглавил митрополит Черкасский и Чигиринский ПЦУ Иоанн (Яременко). После молебна было объявлено, что отныне собор становится гарнизонным храмом ВСУ. Вместе с собором представители ПЦУ также епархиальным управлением завладели зданием епархиального управления Черкасской епархии УПЦ.

Насильственное столкновение произошло при полном бездействии правоохранительных органов. Последнее время, к сожалению, подобные инциденты стали широко распространенной практикой.