От первых лет монашества и службы на Афоне до патриаршего духовничества и публичных заявлений в поддержку войны — путь отца Илия стал отражением трансформации Церкви в постсоветской России. Путь, в котором нашли возможности для злоупотребления многие его «духовные чада».

Утверждается, что в 2022 году схиархимандрит Илий открыто поддержал нападение России на Украину. Летом 2022 года в среде православных пропагандистов и Z-активистов распространялся текст от его имени, в котором было сказано, что украинцы могут получить прощение лишь через «страдания и глубокое раскаяние», а России поможет «Господь и Его Пречистая Матерь». Принадлежит ли текст самому Илию, неизвестно. 

В сентябре 2024 года был задержан его ближайший помощник и православный меценат Геннадий Цурков, организовывавший визиты чиновников и бизнесменов к Илию.